因为意外撞见犯罪组织的秘密而灌了神秘的药物，从昏迷中醒来的工藤新一发现自已身体变小了，为了躲避被再次追杀，他住进了阿笠博士家里，并给自已起一个新名字：江户川柯南。他隐藏在这个小小的身体里，想方设法找到使自已恢复的方法，并破坏神秘的犯罪组织。
